陈纪藩教授认为风湿病中，不同病种具有不同的病机特点和预后，因此，对于不同病种，或同一病种的不同阶段的治法，应病证结合，辨证施法。
1 攻补兼施
风湿病是一种慢性全身性疾病，多表现为病程长，病情复杂，多是正虚邪恋的病理状态，处理好扶正与祛邪的关系，是治疗中需要全程关注的问题。陈教授认为扶正重在气血，补益重在脾肾。气血旺盛流行，则邪去痹开。具体运用中，气血俱虚者常四物、四君合而用之；气虚为主者，用四君子汤加淮山、黄芪；血虚为主者，用四物汤加阿胶；健脾益气喜用补中益气汤；补肾常用八味肾气丸加减，偏肾阳虚者，加用仙灵脾、杜仲；偏肾阴虚者，去附子，加龟板、黄精、枸杞等。后世的独活寄生汤亦是陈教授的常用方，方中杜仲是陈教授治疗类风湿关节炎常用药，具有补肝肾、强筋骨之功。如《本草汇言》云：“凡下焦之虚，非杜仲不补；下焦之湿，非杜仲不利；足胫之酸，非杜仲不去；腰膝之痛，非杜仲不除。”
关于祛邪，陈教授认为，一般而论，痹证多因风寒湿邪所致，由于病程冗长，病情复杂，多有湿邪久留不去，湿邪留恋往往贯穿于风湿病的整个病理过程，故除湿为治疗之第一要务；湿留日久聚而成痰；气血阻痹日久而成瘀。所以，在祛邪方面，既要注意风寒湿邪，更应注意痰瘀为患。真气不足，痰瘀交阻，既是风湿病病理变化的结果，亦是造成风湿病缠绵难愈的重要因素。因此，在论治中适当选用化痰、祛瘀药是很必要的。但由于患者有正虚的一面，在方药选用时，平补平泻是其要旨，多用淡渗利湿、健脾化痰、活血化瘀之法，少用逐湿，破血逐瘀之峻剂。
2 寒温并用
风湿病由于病程较长，加之体质、病因、时令、气候、生活习惯以及治疗方法等诸多因素的影响，常常呈现寒热错杂的现象，面对这种病情错杂之证，陈教授主张必须用药性相反的药物并投的方法方能取得临床疗效，因为药物性味各有所偏，藉药物的这种偏性可纠正人体阴阳的偏颇，使之恢复平衡。运用这种治疗方法，通过适当的寒温配伍，可以缓解方中寒凉药或温热药的过偏之性，从而做到平补平攻，获得更为满意的治疗效果。如痛风性关节炎多为寒湿内蕴，化浊化热之证，患者虽局部红肿，但舌脉尽显寒湿，陈教授常用五苓散合化湿清热的土茯苓、川萆薢、银花藤等常能奏效。
3 燥润互济
燥润互济的治法在治疗风湿病中应是一种重要的治疗方法，风湿病的病理变化中，有肝肾气血不足，筋骨失养之正虚，又有风湿痰瘀之邪恋。祛风、除湿、化痰多用辛燥之品。但是过用久用辛燥的药物往往易造成耗液燥筋之弊，容易造成筋脉失养，倘若只用养血滋养之品则有留湿生痰之虞，临床运用方药时，要注意运用燥润互济的治疗方法，比如陈教授治疗硬皮病时，常将活血化瘀的当归、红花、水蛭、土鳖虫配伍养阴润燥的麦冬、石斛、玉竹等。
4 方药灵活加减
风湿病病因复杂，病程漫长，陈教授诊病十分注重了解患者发病及病情变化的原因，陈教授认为，不同病因致病的症状特点不一样，治疗上也有很大差异。在辨病辨证的基础上，针对患者起病或变证的原因精确加减药味，能大大提高临床疗效。陈教授临床常用加减法包括：偏于风者酌加防风、羌活、川芎；偏于寒者酌加麻黄、桂枝、制附子、干姜、细辛；偏于湿者酌加川萆薢、绵茵陈、泽泻、威灵仙；偏于热者,其中风热者酌加忍冬藤、白花蛇舌草；肝肾阴虚者，加续断、桑寄生、干地黄、女贞子、旱莲草、玉竹等；偏于瘀者加三七、姜黄、川芎、当归、丹参、泽兰、桃仁、红花；脾胃不和加茯苓、砂仁、紫苏梗、桑螵蛸；气血不调加桂枝、黄芪、益母草、鸡血藤。
此外，陈教授擅长借助药物的归经属性，针对不同的病位选用不同药物以求直中病所。例如：病在上肢者酌加桑枝、桂枝、姜黄；病在下肢者酌加牛膝、杜仲；腰背部加杜仲、桑寄生、续断、鹿含草等；胸部加引经药枳壳、丝瓜络等；病在头项者加菊花、葛根、钩藤；筋脉拘挛者常加木瓜、白芍、甘草、玉竹、山药等滋养筋脉。
5 合理运用特殊药物
陈教授在临证中对药对以及虫类药、藤类药的运用可谓出神入化，得心应手。陈教授认为，药对用得好，可以事半功倍，提高处方的整体疗效。功用相近者，合用针对主证；功用不同者，相伍制其弊端；功用相反者，调和纠其偏颇。陈教授临床常用药对包括：桑枝配桂枝，缓解上下肢疼痛；芍药配甘草，酸甘化阴，缓急止痛；桑枝配木瓜，舒筋脉缓拘急；桂枝配黄芪，益气通阳行痹；牡丹皮配赤芍，凉血活血；泽兰配泽泻，利水消肿渗湿；土茯苓配川萆薢，对湿热痹能利湿分清浊；浙贝母配胆南星，消关节顽肿属痰湿滞络者。等等。
虫类药和藤类药同具通络之功，对于风湿病关节肿痛畸形者，适当加用使治疗更有针对性，有效祛除顽痹。痹证日久，“久病入络”,“久病必瘀”，在治疗时除散风祛湿通络外，可以酌加地龙、蜈蚣、蝎子、乌梢蛇、穿山甲等走窜搜剔之品，搜剔筋骨，通经活络，清除顽痹，取“虫蚁迅速飞走之灵”的特性，借其“俾飞者升，走者降，血无凝著，气可宣通，搜剔络遂之瘀类”的特点治疗痹证。若见关节畸形，屈伸不利，多用桑枝、桂枝、络石藤、宽筋藤、鸡血藤、银花藤、海风藤等通经活络。