刘仕昌教授在诸多温病学家中，尤推叶天土、吴鞠通，认为：“温病的辨证纲要，主要是根据叶天士的‘卫气营血’和吴鞠通的‘三焦’”，温病的治法，“是根据发病的整个过程各种不同的症侯转化而制定出来的治疗方法。即通过上述‘卫气营血’和‘三焦’所属脏腑，在病变过程中反映出来的证候作为临床辨证和治疗用药的依据。”现将刘仕昌教授治疗温病经验总结如下：
（1）治温之法，重在清养
根据前人经验与临床实践，刘老将温病的治法，归纳为辛凉解表、清气泄热、通下积热、清营透热、凉血解毒、气营(血)两清、清心开窍、熄风镇痉、养阴增液、护阴救脱、清热化湿、和解三焦等十二种治法。前十种适用于温热病证，后二种适用于湿热病证。他认为不论何种治法，均体现了清热养阴、扶正祛邪这一温病治疗特点。
比如，温病初起，刘老多采用银翘散，桑菊饮加减，以银花、连翘、大青叶等清热，用芦根、花粉之类以养阴，病至气分，常用石膏、知母、黄连、鱼腥草、黄芩等清热，用沙参、石斛之属以养阴。温病后期，常用水牛角、黄连等清热，生地、白芍、麦冬以滋阴。此外，刘仕昌教授认为叶天士提出“养胃阴”之说，补充了李东垣专治“脾阳”之不足，两者兼备，方得其全。临床上如见不纳而大便难之主证，则诊为脾阴虚；津液损伤而以口渴为主证，则诊为胃阴虚。前者常用淮山、莲子|、扁豆等甘淡之品以育阴和营，滋养脾阴：后者常用沙参，麦冬，花粉、玉竹、石斛等甘寒之品，以养阴生津补胃阴。在温病发生发展过程中，胃阴损伤的情况较多见。刘老在温病治法中抓住清热养阴两法，扶正驱邪两兼顾，临床疗效显著。
另外，刘老十分注意服药方法。如邪较盛，体质尚佳者，多用１天２剂上下午各服１剂；若体质较差者，或温邪不盛者日服１剂，分２次服，中间间隔３～４小时。这样使体内维持药效，效果较佳。
（2）拓展温病诊法----辨咽喉
刘仕昌教授在长期的临证中，独创温病辨咽喉一法，认为咽喉为肺胃之门户，温邪侵犯人体，多从口鼻而入，咽喉首当其冲。另外，咽喉是全身经络直接经过，或间接关联的重要部位，与五脏六腑之气相通，且可被直接观察到。故仔细辨别咽喉及其变化，结合四诊材料，能帮助了解邪正抗争及津气存亡的重要情况。
①辨邪之深浅 如咽痒不适，或微红微痛，伴发热、恶风寒、咳嗽者为温病初起，邪在肺卫；若咽喉红肿疼痛，甚则出现脓点，伴发热、口渴者为邪在气分，热毒炽盛；若热入营血，往往在口腔粘膜、咽喉部位等处最早出现出血斑点，据此可作预防性治疗，赢得救治时间。
②辨邪之性质 如湿热温病，多表现为咽喉红或不红，苔腻尤为舌根部近咽喉部为甚；燥热温病则往往咽喉红肿热痛较剧，舌红、苔黄，舌根部近咽喉部位焦燥；咽痒不适，伴发热恶风，舌边尖红、苔薄者多为风热在表之证；若口腔见科氏斑点则为麻疹独有之象；若口腔咽喉糜烂，满布白色伪膜，舌苔白腻者为湿热蕴毒所致。
③辨津气之存亡 虽温病发热口渴，若咽喉湿润有津者为津伤不甚，肾阴尚充；咽干、口燥、烦渴、或见口腔溃烂、红肿疼痛者为胃热炽盛，胃津受伤；若见咽干，嗽口不欲下咽，或见口腔溃疡久久不愈，舌干少苔者为肾阴亏损；若见咽喉干枯，舌质干绛，舌萎或内缩者为真阴耗竭之象。
④指导治疗 根据辨咽喉的情况，参合四诊资料分析，可指导临床辨证用药。即使一些临床无证候可辨的乙型肝炎或HBsAg阳性者， 刘老便以咽喉作为重要根据之一指导治疗，咽红者多用清热祛湿药，咽不红者则重理肝脾，少用苦寒清热之品，临床观察，效果较佳。
（3）善用清暑益气法
清暑益气法是暑温、暑湿等暑病中常用的治法。 刘仕昌教授认为，暑为阳邪，其性酷烈，不仅易灼津液，且易伤元气，所以暑邪致病每易产生暑伤津气，甚或津气欲脱的严重变化。代表方为李东垣的清暑益气汤以及王孟英的清暑益气汤。
刘仕昌教授认为王孟英与李东垣的清暑益气汤虽同名，但两方侧重不同。王孟英之清暑益气汤重在养阴生津，用于暑热伤津之证；而李东垣的清暑益气汤侧重健脾燥湿，其生津之力较逊，适宜元气虚弱，外感暑湿或暑湿缠绵损伤中气者。两方组方不同，但均具有祛邪不伤正，挟正不留邪的作用。临床上两方各有所宜，二者不可偏废。只有根据患者所处的不同情况，灵活运用，方能获取良效。故刘老运用清暑益气法，常分以下两种类型：第一，暑湿内困，脾气受伤。如患者平素中气不足，感受暑湿，脾虚湿困所致，故效李东垣清暑益气汤法以健脾补气，化湿透邪而获良效，但湿为重浊粘腻之邪，且脾虚失运，且病人退热后勿停药过早，以防余邪未尽，死灰复燃。第二，暑湿内困，气阴两伤。本证常见于暑温病中、后期阶段，为暑热未清，津气已伤之候。证见身热，气促，心烦，自汗，口渴欲饮，肢倦神疲，舌红，苔薄黄腻而干，脉虚细数。治宜清热涤暑，益气生津，予王氏清暑益气汤。方中西洋参、麦冬、石斛、梗米、甘草等益气养阴；用知母、黄连、西瓜翠衣、荷梗、竹叶等清热涤暑。若汗出多者，刘老喜用糯稻根、浮小麦以收敛止汗；大便秘结加火麻仁、郁李仁；头痛加苍耳子、天麻、白蒺藜、菊花等；全身 痛加秦艽、葛根、木瓜等。