（一）学宗叶、吴， 融汇创新
我国清代著名医家叶天士、吴鞠通，是创立温病辨证论治体系的杰出代表，也是刘仕昌教授极为遵崇的一代医家。叶天士在《温热论》中首先确立了卫气营血的温病辨证论治纲领，提出了“卫之后，方言气；营之后，方言血”。阐明了温病发生、发展的机理，以及各个不同阶段的治疗原则，吴鞠通则在叶氏理论启发下，确立了三焦辨证，以补充卫气营血辨证的不足，两种辨证理论体系相辅相成，使温病辨证论治方法更加充实，长期有效地指导临床实践，在温病防治中也起着重要作用。
然而，刘仕昌教授学宗古人，却不拘泥于古人。他认为叶、吴的理论并非完美无缺。从临床运用较广的卫气营血辨证来看，虽然说理清楚，层次分明，临床容易掌握运用，但其结合脏腑不够密切，且缺少温病后期许多证治内容。三焦辨证理论虽然在上述方面补充了卫气营血辨证的不足，但却显得阶段性不明确。如同样的上焦病，可有病初的肺卫证，又有气分的肺热壅盛证，甚至热入心包证也归于上焦病，如用上焦病治疗原则“治上焦如羽”，用轻清宣透的方法，则仅用于邪在肺卫者，而不适用肺热壅盛，更不适用于热入心包了。可见二种理论，各有长短。故长期以来，临床医生辨证时更各取所需，容易造成紊乱。如果没有统一的辨证标准，科研工作亦难于开展，势必影响温病学理论的发展。
为了使温病辨证理论更加完善，刘仕昌教授带领温病教研室全体老师，结合临床及教学经验，反复商榷，最后确立了以卫气营血辨证为基本纲领，并将三焦辨证密切结合脏腑的优点补充进去，将下焦病（温病后期证治）补充进血分证中，认为下焦病实质是阴精受损，精血同源，关系密切，故可将其归于血分证的虚热证。卫分证主要反映邪在肺卫，为温病的初起阶段。气分证范围较广，温病尚未入营分之前的各脏腑生理功能紊乱所表现出来的证候，均可归于气分范畴，主要证候如肺热壅盛、热在胸膈、热郁于胆、邪入三焦、湿热困脾、胃热炽盛、胃肠热结、小肠热盛、热迫膀胱......等。营分证主要有热灼营阴，热入心包等证候。血分证除包括实热证之热盛迫血、瘀热内阻等，还包括新补充的虚热证如热伤真阴、虚风内动等，最后可发展为阴竭阳脱。如此将以前的卫气营血辨证、三焦辨证的优点集于一身，使温病辨证理论更加完善，适应临床，同时更利于温病科研工作，从而大大发展了温病辨证理论体系。
此外，刘老对温病的发病主张既有新感又有伏邪，决不在观点上随波逐流。对63年二版统编教材，删除伏气学说，他一直持保留意见。上世纪90年代以来，随着对乙肝健康携带者、艾滋病感染者的研究，中医愈来愈感到伏气温病理论有其一定的正确性，不应当作糟粕抛弃。在刘老的力促下，彭胜权教授在主编的规划教材《温病学》中，重新增添伏气内容，此后陆续写过有关伏气论文，在南京，山东中医药大学学报及台湾出版的《中医典籍学报》上发表，受到同行专家的认同，足以证明刘仕昌教授坚持的学术观点，是经过深思熟虑的。
（二）继承创新，树岭南温病医宗一派
《岭南中医药丛书·序言》中指出：“广东北靠五岭，南濒大海，属亚热带地区，气候温暖、湿润，常见病以温病为主；药用植物资源丰富，品种繁多，为南药主要产区。由于地理上的原因，使岭南中医药独具特色。”多年来，刘仕昌教授在临床与教学工作中，带领研究组对华南沿海地区及岭南地区历年气候变化特点、及地理环境特点、人体体质等做了广泛调查。刘仕昌教授认为岭南地区温病的发生、病理变化等具有一定的特异性，因此岭南医家在辨治热病方面有独特之处。
其一，岭南外感热病具有“阳热怫郁”的基本病机特点。“郁，怫郁也，结滞壅塞，而气不通畅，所谓热甚则腠理闭密而热郁结也”。（《原病式·火类》）在外感热病的发生与发展过程中，热与郁往往互为因果。郁因热而生，热因郁而增其壅。外感热病在浅深不同的卫、气、营、血四个阶段，都反映了阳热郁结这一病理特点的客观存在。
刘仕昌教授在诊余常告诫：尽管南北寒温差异甚大，但“阳热怫郁”是外感热病共同的病理变化。对此等病证不可偏执辛凉寒凉一法，应注意审证求因，因势利导，顺势透邪，务求邪气外达为要，如稍佐辛平微温之品以畅达玄府，辛开气机之味以疏达枢机，每能收到事半功倍之效。
在治法方面，由于岭南地处亚热带，气温偏高，对于外感热病的治疗，医者常视辛温之品为禁药，不敢用之。刘仕昌教授认为，这类药物所具有的独特的宣通作用与辛凉寒凉药物配伍为用，采取寒温合用、清化并举对南方外感热病的治疗基于岭南外感热病之阳热怫郁的基本病理变化。因此，刘仕昌教授在外感热病初起的治疗中，在大队的辛凉药中，常用微温之防风畅卫透邪，辛温之苍耳子通彻表里上下，疏机达卫泄热，或用藿香畅机化湿，或用辛温之威灵仙通达经络之郁热，即使对于辛凉之品的运用，也常用清热兼疏透之品，如柴胡、葛根、青蒿之类。
其二，岭南地处亚热带，气温较高，同时湿热较重，外感热病初起除了热郁卫分的病机外，还有多呈湿阻卫分的特殊病理变化。湿与热合，气蕴不透，外不能畅达腠理玄府，郁滞肌腠皮肤，卫气阻而不宣，内不能通行上下，升降之机乖违，可见发热、微恶寒、肌肉关节疼痛、四肢倦怠等卫表证和胸闷、脘痞等气分证。因气候炎热，四季淫雨，湿热尤甚，加上人体阴虚内热者多，脾胃湿困者多，故岭南温病具有明显的热象偏盛、易伤气津和兼湿困的特点，患者往往表现为虚实挟杂，湿热胶结的矛盾状态，因此治疗应以清热解毒，顾护气津，化湿运脾等，做到祛邪不伤正、扶正而不恋邪、化湿而不助热、清热而不伤脾。
其三，对于如登革热、流行性出血热等岭南地区好发的传染性疾病，刘仕昌教授则结合地域气候特点辨证其发病核心具有热毒壅盛、瘀热交结、热毒挟湿等病机特点。
刘仕昌教授认为：登革热发病之病邪性质属疫疠毒邪，其中热邪与毒邪同属阳热性质的病邪。一般来说，热毒比热邪致病更急更重，故有毒为热之甚之说，临床上将疫毒引起的高热证称为热毒证或火毒证，以示区别一般热证。疫毒内侵，热毒即生，两阳相合， 煎熬血液，灼血成瘀，瘀既是热毒的病理产物，又可成新的致病因子，一则阻滞营卫肌腠，使营卫不和，气血运行不畅而导致发热；另则毒瘀交结，阻塞经络血脉，血不循经而溢于脉外，外窜肌肤，可致皮疹及各种出血症。登革热的证候变化复杂，刘仕昌教授将其概括为卫气同病、气分热盛、气血两燔、毒犯心脑、毒瘀交结、余邪未清等基本证型，大大规范了该病的中医辨证思路。
流行性出血热是由病毒所致急性自然疫源性传染病，根据疾病的流行情况和临床表现，可归属中医学“温疫”“疫疹”的范围。刘仕昌教授认为本病病因为温疫热毒，其发病原因是由于人体元气不足，阴津亏损，温疫热毒乘虚而入。由于岭南地域气候炎热，雨湿偏盛，脾胃内伤，外界湿热之邪与内生湿热相合，使本病病机表现为毒热挟湿。对岭南地区流行性出血热治疗，刘仕昌教授认为发热期主要以清热解毒祛湿为原则，以清解毒热，祛除湿邪。如初起在卫气，波及营分，症见发热、恶寒，头痛，目赤，恶心欲呕，全身关节疫痛，纳呆，腹胀，皮肤斑点隐隐，舌质红、苔黄腻，脉数。治宜清气解表，解毒泄热，佐以凉营祛湿。如气营（血）两燔，症见高热不退，头腰痛，周身骨节疼痛，面如醉洒貌，烦躁不安，甚则神昏谵语，目赤咽红，皮肤有出血点或瘀斑，或鼻衄、吐血、便血，舌红绛，苔黄腻，脉数。治宜清热解毒，凉营止血，佐以祛湿。此外，若少尿期出现急性肾功能衰竭，可采用中医外治法，常用中药保留灌肠，对促进排尿，解除尿毒症，缩短病期都有一定作用。