1.辩证循经取穴，重视经络补泻
临床上强调辨证的循经取穴，即辨证是循经取穴的要领，“宁失其穴，勿失其经”的前提是“勿失辨证”。几十年来，赖新生教授基本上采用经典的三百六十一穴治疗疾病，对经穴的配伍以及配伍后形成的治疗效应潜心总结其规律，他认为，三针疗法虽然有它简洁有效的显著特点，但也不能不加辩证对任何疾病都有效果。因此，他首次提出了经穴治疗效应这一概念，在针灸界引起众多专家关注，著成《实用针灸处方学》，对古今实用有效而且具有针灸经络原理的处方进行了总结。他形成了十几组自创的针灸处方，如以百会、水沟、神门、大椎为主的“通督调神” 方治疗中风及其相关疾病，以天枢、关元、胞门、子户为主的“天元滋肾方”治疗男女科疑难杂症等均有显著疗效。他还重视针刺整个过程中的经络补泻，认为是调整阴阳，治疗脏腑疾病的关键所在。其学术思想之一认为：经络治疗效应能够发挥，针灸就有效。经络治疗效应不能发挥，针灸就无效。因此，有时先放血决实、后行针通补以治经脉壅塞，有时先艾灸温阳、后行针挑以泻实治疗阳虚瘀阻。他将得气分成初始的和受应激的初级针感，以及补泻行针后高级的、激发的和继发的得气效应，这一观点越来越得到国内外多数专家的认同。此外，独特的“赖氏飞针”法具有轻巧、准确、快速、无痛特点，并规定了行针五大要素，强调“治神”和“气至病所”，因其规范，易于掌握。
2.擅长治疗脑病和变态反应性疾病
赖新生教授在国内外最早提出经穴-脑相关的科学假说，认为人体作为有机体，针刺刺激必须经过脑部的中枢调节和整合再作用于靶器官和组织，这是经穴特异性和经穴治疗效应的关键科学问题。他在研究中引入模式识别技术，围绕经穴特异性、针刺得气、补泻手法等相关问题展开研究。在假说的基础上建立了经穴“模式识别”的脑界定方法，引入脑功能成像技术，研究人体在生理、病理状态下，经穴、非穴的脑功能成像特点，通过脑功能的客观反应，界定“经穴模型”，观察针刺得气和不得气的不同效应，观察不同的穴位配伍效应，从脑功能角度明确经穴配伍的基本规律。临床上对于脑病，他又擅长以督脉为主的奇经八脉结合十二经脉特定穴为主来治疗。其学术观点之一：奇穴治奇病，如后溪治疗颈椎病，长强治疗神昏，申脉、照海治疗癫痫，尤其以任督二脉穴位为主治疗男女科疾病疗效显著。他还强调经络辩证和注重经穴治疗效应：在临床上凡用针必先诊脉，如用缪刺或巨刺治疗中风、腰腿痛、偏头痛、面肌痉挛等。学术观点之二：调治元神是大法。应用此法时注重阳经和原穴的应用，调治元神包括通督调神、调治五神脏法治疗失神、失用、失知、失语、五迟、五软、耳聋等神经系统疾病多有良效。其所著《针灸脑病学》为国内首部针灸治疗脑病专著。
变态反应性疾病是西方国家发病率较高而难治的免疫性疾病，是针灸领域的研究难点。八十年代初，赖新生教授率先开展针灸抗I型变态反应疾病的临床研究，他的针灸经验被美国、加拿大、香港和台湾地区的以治疗花粉症著名的许多专业医生所赞许和来国内向他学习。他在国外传播针灸学术和介绍针灸经验，以这一主题较多，曾在美国纽约21世纪中医药学术大会、台湾大学、马来西亚中医学院、加拿大2002年中医药大会上演示针挑和针刺补泻手法治疗支气管哮喘、过敏性鼻炎等。其 “变态反应性哮喘的中医治疗”由台湾传统医学会出版（1996年8月），“荨麻疹的中医治疗”发表在《传统医药杂志》（台湾，1997年10月），“支气管哮喘的辩证论治经验”刊于《马来西亚中医学院40周年纪念特刊》等。他治疗过敏性疾病针灸治疗不拘一格，如挑刺、埋线、经络注血等，并传播至台湾、加拿大、美国等国家和地区。
3.擅长子午流注配穴法，应用特定穴得心应手
目前国内有以子午流注推演繁杂，医家大多弃之不用，赖教授认为实为可惜，若子午流注用之得当，疗效不可替代。他熟练掌握纳甲法、纳子法、养子时刻注穴法，并经常有针对性的运用于临床，取得显著疗效。如以养子法治疗高血压、肾经酉时治疗肾虚证均取效甚捷。并首创子午流注灸法，如按时灸脾经公孙穴治疗胃痛和癌性疼痛，灸隐白治疗崩漏均收到显著疗效。他还主要将子午流注针法应用于五官科的疾病。赖新生教授认为特定穴即有特殊的功效，他独创六阳经的郄穴（温溜、会宗、养老、梁丘、外丘、金门）治疗瘀阻脑络的无先兆型血管性头痛，疗效优于西比灵对照组，达86.7%。他认为郄穴既有主治一身痛症和血证的特点，尤其治疗急性重度疼痛，而且疗效持久，但阳经郄穴治疗气形两伤病证即治疗肿痛为主，较少用于血证，而阴经郄穴多治疗血证也用于一些脏腑器官的病症。此外，他用郄原相配治疗腰椎间盘突出症也取得显著疗效。他对特定穴的应用独具匠心，扩大了特定穴应用范围，挖掘发挥了特定穴治疗功效，证实了特定穴存在的特殊临床意义，这也在针灸界受到广泛关注和好评。在广州中医药大学第一附属医院名医门诊出诊以来，医德医风良好，以孙思邈大医精诚为座右铭，树立了全心全意为人民服务的思想，兢兢业业、精益求精。有时来自全国各地及海外的就诊患者半天都多达70-80人次，均亲自下针不敢稍怠。1位90岁老人脑梗塞昏迷从福建连城送来门诊，用通督调神针法二次苏醒，针药结合一月基本痊愈。病人送一画写有“针灸圣手，德艺双馨”以表感谢。
4.擅长针药结合，治疗不孕不育疗效较高
赖教授认为针灸与中药相辅相成、相得益彰，必针与药俱精方为良医。针药并用、审证求因、审因论治的原则是一致的。针药结合可扩大内科、妇儿科的适应症，缩短疗程，提高疗效。临床上以经方化裁，用药强调君臣佐使，取穴少而精简，强调脏腑虚实和得气补泻，著有《针灸方药合璧》。就治疗不孕症而言，既取法于古人，又因人、因证、因时、因地而变通，不以一方一法为限，遣方用针用药，皆有定见，其主要经验总结如下：①重视临床辨证分型，不孕症乃本虚标实之证，应先求之于肾；在辨证分型后对症施治，以通调冲任，补益肾气，活血化瘀，疏肝解郁，健脾化痰为治法。②自创腹部穴位为主的针灸处方，该方可以较快的提高精子数量和活力，改变精子不液化或液化时间长，可以较好的调节月经先后不定期，在门诊近三年随访的50例左右患者中已怀孕30多例；③针药合璧，尤重补肾活血的原则，穴位处方精要，以任督二脉经穴为主，根据辨证灵活加减。
5.传承靳三针疗法，创新岭南针灸理论
作为全国首批名老中医药专家学术继承人，师承全国著名针灸学专家靳瑞教授，并在靳老“靳三针”疗法的应用基础上，首次用传统中医针灸理论将三针组方原理及补泻等方面进行了系统整理并发扬光大。在国内，他倡导成立了首家靳三针研究中心，首次开展靳三针治疗儿童精神发育迟滞的临床研究，先后对558例患儿进行临床治疗和观察，临床疗效显著，总有效率为79.3%。该方法完全改变了国外以教育训练为主的困境。赖新生教授在国内最早系统开展了以“颞三针”为主的针刺处方治疗中风后遗症，临床总有效率达98.3%，该处方安全有效、针对性强、痊愈率高，完全可弥补体针和一般头针疗法的不足，是目前公认治疗中风后遗症较好的办法之一。
6.治疗疑难疾病疗效显著
针灸治疗痛症类疾病已经为国内外所公认，但一些内科和其他各科的疑难病症针灸往往疗效有限，赖新生教授学验皆丰，博采众长，在扩大针灸适应症、提高疗效方面具有独特的诊疗经验
例如①顽固性失眠：近代顽固性失眠伴抑郁从白领、领导到企业家患者不在少数。从《内经》至晋代《针灸甲乙经》均未发现明确的关于不寐的针灸处方，明清时期，仅得出以“阳不入阴”所致的病机，治当泻阳补阴。赖新生教授认为，失眠为神、魂、魄、意、志五神的改变，自创调五神脏的针法，以泻百会、补照海加魄户、神堂、魂门、意舍、志室或辩证加中药酸枣仁汤、归脾汤、柴胡加龙骨牡蛎汤、黄连阿胶鸡子黄汤等取得显著疗效，不少病人完全停用安定、氯氮平、黛力新等。赖教授认为，五神的改变是“厥气”内客脏腑，阻碍了营卫“应刻数”的运动，卫阳独行于外，不得与营卫交汇而产生失眠。调五神脏针法可以通达内外，营卫相交，“复刻数”而疗效巩固。②妊娠合并重度支气管哮喘：2007年10月，一江姓妇女妊娠6月合并严重哮喘，发则喘促发绀，大汗淋漓，喉中痰鸣，脉率120次/分，1月多来，屡用普米克吸入加服泼尼松和氨茶碱仍无明显效果，经人介绍至赖新生教授门诊治疗，诊其脉沉而尺微，辩证为脾肾阳虚兼痰浊壅肺，以无烟艾灸肺俞、关元，针泻丰隆、定喘，以定喘汤加地龙干、葶苈子一次缓解，6次基本控制，间断治疗至生产。③顽固性面瘫：赖教授擅长用独特的推上平刺法和交经缪刺法、泻健侧地仓、颊车、合谷对顽固性面瘫久治不愈或出现联动倒错、面肌痉挛均卓有疗效。广东省内许多医院未能治愈的面瘫患者均慕名前来就诊，门诊曾治一位祁某在读大学生，5岁患面瘫至今25岁仍见严重口眼喎斜、面部形容扭曲，以上法治疗6次基本痊愈。④强直性脊柱炎：一法国病人白世杰（音译）患强直性脊柱炎6年，经人介绍于2011年6月由其中国太太专程从法国寻求赖新生教授治疗，以华佗夹脊穴深刺加电针并用艾柱灸关元、气海10次后疼痛完全消失，脊柱活动较自如、舒适，带回中药并嘱其练气功。春节前来电，病情已控制，不再服用激素及止痛药。⑤肾结石：广州德菲公司一位皮具设计师患肾结石多年，曾行碎石术及服用消石素、排石汤等无效。2010年10月，经人介绍来诊，诊时正当疼痛发作，赖新生教授用针刺肾俞和委阳，针感放射至前阴，治疗两次后随尿排出5-6粒0.3-0.5cm大小的结石。⑥术后尿潴留：擅长于次髎和白环俞治疗前列腺炎、内痔、混合痔、痔核结扎术后疼痛、肛门诸肌痉挛及腰骶疼痛等，配合膀胱俞和中极，采用苍龟探穴和青龙摆尾的针法，一次排尿成功率达90%以上。经常被邀请到各大医院会诊，治疗术后尿潴留。⑦针药结合治疗小儿癫痫：在未发时，采用身柱、筋缩、申脉、照海加以自拟的经验方清痫安脑汤疗效显著。曾发表相关论文两篇，并介绍到台湾《新医药周刊》。