一、对岭南针灸大家司徒铃、靳瑞教授学术思想的继承和发扬。
赖新生教授先后师承司徒铃教授和靳瑞教授两位岭南针灸大家和一代名医，对两位名医的学术思想进行了很好的继承与发扬。
赖新生教授在司徒铃教授背俞穴理论基础上提出通督调神法，重点以背俞穴配合督脉穴以温阳调神。司徒教授善活用经穴，将取穴处方规律归纳为循本经取穴、他经取穴、多经取穴、流注取穴，赖新生教授不仅深谙循经取穴要领，强调辩证的循经取穴，而且提出远取为法，五腧为中心，善于运用五腧穴，在临床上每每取得显效。司徒教授行针时补泻分明，尊崇《内经》人与自然相应而“生气通天”的理论，擅长运用子午流注针法，操作手法讲究补虚泻实“烧山火”和“透天凉”手法。赖新生教授重视针刺补泻手法的同时，认为各种传统补泻手法有各自的特点。各种补泻手法的具体施用应视疾病或穴位不同而定,同时不能脱离辨证孤立地谈某个针刺手法是“补”或“泻”,此外强调补泻无过其度,针刺手法应“中病即止”,即根据经络气血的盛衰有余施以补泻。
靳瑞教授的 “靳三针”发扬深入体现在脑病的研究和治疗上。赖新生教授将“靳三针”进行总结和发扬，并对其治病机制进行了多层次研究和分析探讨。此外创立了“靳三针”针刺操作技术标准，使靳三针的临床操作更加系统化、标准化。
二、通元针法的学术理论及创立。
赖新生教授师总结40余年临床经验创立通元针法， 本法是基于通督养神，引气归元的治疗大法，以五脏背腧穴通督养神和腹部任脉及腹募穴为主穴以引气归原，同时依据病情可配合开四关或配合五俞穴，参以传统的针灸补泻手法。二者可合用也可单用，或辨证与辨病相结合，或针药结合。是 “扶正祛邪”“治病必求于本”的新的针灸处方体系。
元气具有推动人体的生长发育及维持正常的生殖功能，温煦和激发各脏腑、经络等组织器官的生理活动的作用，是人体内最根本、最重要的气，“元气”的盛衰，即是生命的存亡， “元气”一分为二即是阴阳，阴阳二气合二为一即为“元气”，阴阳失衡又为人体疾病发生的根本病因病机，因此，从这一理论出发，赖教授认为通元调治人体元阴元阳可谓调其根、治其本，从根本上恢复“阴平阳秘”的状态，是治疗脏腑、经络、营卫等相互关系失调及一切气机升降出入运动失常的核心所在。
然“元气”与任督二脉关系密切，尤以督脉为主。督脉为阳脉之海，统摄一身之阳气，功能维系人体之“元气”。李时珍在《奇经八脉考》中指出：“任督二脉，人身之子午也，此‘元气’之所由生，真息之所由起。”具体而言，肾为先天之本，“元气”根于肾而行于任督。其次，赖老认为经络之气阴阳相应、脏腑腹背气相交贯，疏通经络必须调气，调气关键在于引气归元。背腧所治阳病，腹募所治为阴病，二者兼而取穴则阴阳二气贯通归元，是谓通元法。
神是生命活动之主宰，是脏腑功能活动与外界环境相适应的总体外在反映，对人体生命活动具有重要调节作用，因此针灸之要在于调神。神以精气为物质基础，神必须得到精气的滋养才能够发挥其统御生命的作用。所以调神在于养精蓄气，而蓄养精气在于通元，通元调气、通元益精能够补肾固本、扶正祛邪，通调一身之气，精气足则神昌，神昌则邪去。
通元针法特点: ①上开脑窍，下蓄精气，共奏通元之功; ②蓄积阴精，引气归元，通督养神，以补为主，重视精、气、神在人体中的重要作用; ③具有 “头面、躯干取穴为主，四肢五输穴为配穴”的取穴、配穴特点; ④针药合璧，相得益彰，加强通元之功。
三、对针药结合治疗过敏性疾病的认识及针灸抗I型变态反应的作用机制研究。
赖新生教授认为：过敏体质的本质是体内存在多种异常抗原，由于患者脏腑功能低下，容易激惹，易受外界过敏原或精神因素触发而发病。过敏性疾病好发于春季及夏秋之交，部分病人常年反复发作，处于高敏状态，六淫毒邪外犯加之久治不愈，导致免疫系统紊乱，治当以杂病辨证脏腑定位治疗的思路。此外赖教授认为过敏体质者多属气虚，气虚对应于现代医学的免疫缺陷或免疫功能低下，六淫毒邪损伤肺脾肾三脏，导致正气不足，在脏腑的正气虚的基础上发病，导致反复发作、久治不愈，临床上往往需补气补血才能得以彻底根治。临床审证时还需根据脏腑的功能特点，体表相关的部位以及脏腑及五官、四季的方面特定关系进行定位，并依据五行生克乘侮规律做全面的考量。
对于过敏性疾病的治疗赖教授认为：1.应确立以肺脾肾三脏辨证治疗、内外相参、扶正祛邪治疗的三原则。通过针灸以表治里，通过中药调其内脏，针药并用提高疗效。2.重视体质因素，从内外合邪机制入手，分别予调和营卫、清热疏风；健脾疏肝；补肾健脾等不同治法，同时很多过敏性疾病都与多种继发性介质有关系，这些介质受精神因素影响，在情绪波动时变化剧烈，往往诱发或者加重过敏症状。春季在脏为肝，亦为过敏性疾病好发季节，提示在治疗过敏性疾病时要重视柔肝敛阴，宁血活血。
对针灸抗Ｉ型变态反应的作用机制赖新生教授及其研究团队已深入到细胞、分子甚至基因水平。围绕神经－内分泌－免疫网络展开全面的深入研究。如：细胞因子、毒性蛋白、黏附因子、肿瘤坏死因子、Ｐ物质、血管活性肠肽、转录因子等。并对针灸抗过敏的本质进行了不同角度的阐明。
四、经穴特异性的探讨和影响经穴治疗效应的五大要素研究。
赖教授在经穴特异性研究基础上首先提出“经穴特异性与脑相关” 假说。首次提出了建立经穴识别模型的脑界定方法。在这基础上把得气与经穴研究密切结合在一起，重新定义得气的概念是“针刺干预人体经络后经过脑的整合时在脑部区域的反应”，这一针刺反应是有别于其他生理、病理的经络脑内反应的，是针刺在中枢调整层次上具有“治疗效应”的最主要标志。
赖老总结影响经穴治疗的效应有五大要素：1、脉气所发是构成经穴治疗效应的经络基础；2、各经经气多少及逆顺流注等机体状态是体现经穴特异性的时间和空间要素；3、经穴配伍是构成经穴治疗效应多种形式的必要条件；4、得气补泻是针刺获取经穴治疗效应的关键；5、经穴特异性与刺法特异性并重是发挥经络治疗效应的基本途径。
应用经穴特异性理论随症取穴,用治神法“按时施刺”,选择适当的针具和刺法,行以补泻手法,给予恰当的刺激量,最终达到气至病所治疗疾病的目的。
五、对经典理论中“得气”进行系统研究，并重新定义“得气”。
赖教授认为广义的“得气”应包括三类，第一类叫“针响”即病人主观的感觉，包括“针下寒、针下热”和“酸、麻、胀、重”等；第二类叫做“医者得气”，是指医者针下的沉、紧、涩的感觉等；第三类是真正意义的“得气”即针刺调动胃气所化生的营卫之气（正气），达到治疗效果，即所谓“索气于胃络，得气也”，这三类“得气”在层次上是有差异的，前两类是原始的、初级的、启动式的，只有第三类才是医者在此基础上辨证审因结合正确的补泻手法，方可达到继发的、高级的得气。提出：针刺作用与脑功能密切相关，有多层次神经核团参与，针刺效应与皮层下核团的活动密切相关。
六、通督调神法治疗脑病
督脉与脑关系密切,五脏安和与阴阳协调均离不开神;脑为元神之府,督脉在经络脏腑和阴阳协调中占有至关重要地位。因此,赖教授十分重视运用督脉腧穴,提出“通督调神”治疗法则。通督调神主要是以振奋阳气、统率功能这一角度立法,为加强经络功能,体现针灸治疗效应的主要治则。在临床上取督脉百会和水沟配伍为主,加用手足三阳经穴位,作为治疗中风病的基础方,加用双侧神门,则是治疗血管性痴呆的基础方,加用颞部腧穴,则是治疗儿童精神智力发育迟滞的基础方,均取得显著疗效。