（一）重视“肾主生殖”
肾为先天之本，主藏精气，为人体生长、发育、生殖的根本。冲任之本在肾，肾通过经络与子宫相连。肾精、肾气及肾中阴阳的盛衰对子宫的生理病理活动有重要影响，随着人体的生长，脏腑渐充，肾气乃盛，从而促使肾所藏之元阴化生天癸，在后天之精的充养下，到了二七之年，则天癸至，并促使月经出现。肾在月经产生的过程中起主导作用。在“肾主生殖”的理论指导下，欧阳惠卿教授运用补肾中药在调经、止血、安胎、种子等方面取得显著的临床疗效，早期的实验研究也揭示了补肾中药对下丘脑-垂体-卵巢性腺轴功能的调节作用。欧阳惠卿教授善用中药调周疗法，在早期就根据行经期、经后期、经间期和经前期阴阳气血消长的生理特点，肾、肝、脾等脏腑及冲任、气血在周期中的作用，采用辨证或辨证与辨病结合施治，以调理肾阴阳为主导，结合疏肝、理脾、养心、行气、活血、化痰、利湿等治法，进行周期治疗，应用于月经不调、崩漏、闭经、月经前后诸证、不孕症等妇科疾病。
（二）倡导辨病辨证相结合
欧阳惠卿教授重视中医基础理论，师古而不泥古，借鉴现代医学发展中医理论。她认为证与病，两者有着密切的关系。如中医诊断为不孕症的病人，月经正常，又没有明显症状。单纯以中医辨病有时难于确定不孕的原因，若通过西医辅助检查，可以明确不孕属排卵障碍或输卵管阻塞、或生殖免疫性因素所引起，中医治疗可从该病的病因病理入手，参合中医学理论，分析病因病机，从而进行针对性的辨证治疗才会取得更好的效果。所以，中医妇科疾病的诊断应参照传统的宏观辨病与辨证和宏观与微观相结合的辨病与辨证等多种诊断方法，才能使妇科病的诊断更趋完善，更好地指导辨证治疗。
欧阳惠卿教授对难治的内异症不孕屡见奇功，已经令不少患者受益。对其诊治就充分体现了他对疾病的辨病辨证相结合的学术思想。欧阳教授强调，本病特点是内异症与不孕合并存在，所以该病病机不离血瘀； 但对内异症不孕的治疗重点应在不孕而非内异症； 内异症的发生和存在仅是导致不孕的可能机制之一，而肾和冲任病变也可能先于内异症存在，并因其本身异常而导致内异症和不孕发生。由可见此，肾和冲任病变是内异症不孕的核心问题，本病挟虚者多，全实者少，而活血化瘀仅为治标之法，所以欧阳教授认为治疗上应“必伏其所主，而先其所因”，谨守病机，标本兼治，进行补肾化瘀，并以补肾为主。同时当审证求因，辨证论治，根据其病因、兼证等，分别予以温经散寒、清热利湿、疏肝理气、健脾益气、化痰散结、通腑行气等法。取法而行之冲任瘀滞之气血、痰涎、水湿的运化和消散，再辅以化瘀之品，则冲任之瘀渐图缓消，胞宫冲任之生机可徐徐回复，肾之经脉通畅，又复得后天充养，则肾之精气渐充，任通冲盛，胞宫温暖，则生育之机指日可待。
（三）中西结合，承前纳新
欧阳惠卿教授提出环境因素为中医致病新的病因，认为科学技术的进步创造了人类巨大的物质财富，但同时出现了危及人类健康、生存和繁衍的环境问题。有毒物质的排放可引起内分泌功能紊乱出现月经不调、不孕、胎儿畸形等。社会的不断进步、技术的革新给人类的生活生产方式带来颠覆性的变化，故疾病谱也随之变迁。欧阳教授强调，医生的视野要宽阔、思维要灵活，气候和环境的改变及饮食因素与妇科某些疾病的发生和演变有一定的关系。如子痫、产后身痛多发生在冬春季节，阴疮、阴痒、带下在夏季较易发病，易地居住、工作环境变换等往往会出现月经不调，甚至闭经；摄入使用饲料添加剂(激素、抗生素等)喂养的动物，易发生性早熟、月经失调、子宫肌瘤、癌证等；现代人的蜗居和电子化的生活方式给人体免疫打击带来一系列疾病的难治性。
欧阳教授在遵循古人经验的基础上，对证施方，在临床上取得了有效的治验，对于古方的应用不仅局限于前人的总结，还深入洞悉古方涵义，以便有效地应用于临床。如滋阴补肾、宁心调经之柏子仁丸用于肾虚血瘀的不孕患者，起调经种子功效。
（四）灵活博采众方，缕析异病同治
异病同治中证得诊治的关键。欧阳惠卿教授在临床实践中除了认同“异病同治”中证同治同：包括方证同治、药证同治和脉证同治外，还十分注重“异病”其必有不同疾病的特点和表现，构成证候的主证、此证和兼证也必有所区别，根据疾病本身的特点，运用更适合疾病本身的中药来治疗。桂枝汤是张仲景治疗太阳中风表虚证的代表方，若见头痛发热、脉浮弱、汗出恶风即可用之。而产后除由外邪导致的所谓“阳浮而阴弱”的太阳中风证可选用桂枝汤外，产后因血耗气伤，内伤而成的所谓“卫气不共营气和偕”的营卫自病者亦可用，如用于产后失眠、产后抑郁。
（五）强调妇人治病毋忘“心”
欧阳惠卿教授一个重要学术思辨特点是重视患者的心理治疗和妇人疾病从“心”论治。她经常引用《素问•评热病论》中所言：“月事不来者，胞脉闭也；胞脉者，属心而络于胞中。”女子以血为本，经水为血所化，而血来源于脏腑。心与胞宫借胞脉取得直接联系，《素问•五脏生成篇》指出：诸血者，皆属于心。社会心理因素引起的各种刺激对人的精神和身体造成的危害日益增多。欧阳教授认为，良好的心理因素和积极心理状态在疾病发生、发展和转归上有积极作用。如果心理刺激强度过大，或心理刺激的持续累积作用，或同时受到多个心理刺激，就会引起平衡、调节系统的失控而发病。心理因素可通过大脑皮层而干扰下丘脑-垂体的分泌功能，激发垂体大量分泌促肾上腺皮质激素，反馈引起促性腺激素的非特异性抑制，导致妇女内分泌功能的紊乱而出现妇科疾病，如月经失调、心因性闭经、经前紧张综合征、更年期综合征、痛经、慢性盆腔疼痛、性功能障碍等。不孕症患者往往求子心切，心理压力较大，对医生的期望值往往也很高。欧元教授认为，心情郁结乃妇科疾病患者的一个重要的致病因素之一，故对患者从心论治和心理疏导同为首要。由此让患者信任医生，提高患者的依从性；使用疏导法从心理上对患者进行开导，或转移法转移患者高度紧张、专注于不孕症的注意力，减轻其心理负担。对患者的诉述耐心的倾听，针对不孕的病因，向患者进行治疗方案的解释，增强患者治愈疾病的信心和消除心理障碍，对治疗有事半功倍的作用。