张玉珍教授的学术思想渊源于中医经典著作，并善于撷取诸家精华，有继承。有发展，又有创新，形成独特的学术思想。
（一）源于经典继承创新
张玉珍教授从1976年9月16日开始，跟诊罗元恺教授达十八年。在跟师学习过程中，张玉珍教授勤快地收集罗老的临床资料，分类整理，积累了丰富医学财富。罗老指导张玉珍教授学习中医经典著作，经典之精华，丰富了学识，滋润了心智。罗老口授面传他的宝贵临床经验，让张玉珍教授体验中医辨证之精微，中医临床疗效之神奇。在继承罗老创新《内经》阴阳学说在妇科的应用和首创肾-天癸-冲任-子宫轴成为女性生殖功能与性周期调节的核心理论的指导下，张玉珍教授深入研究肾与生殖的关系。尤其是对卵巢早衰的中医药研究处于学术界前列。
罗元恺教授最早提出“肾气-天癸-冲任-子宫构成一条轴，成为女性生殖功能与性周期调节的核心。”为了学术的发展，拓宽研究的思路，张玉珍教授主编教材时表明肾气-天癸-冲任-胞宫轴说得到较普遍的认同，但存在理论上的困惑。因为传统的认识，子宫、胞宫是相同而异名。对于疑难病证如卵巢早衰、多囊卵巢综合征等的命名和病位是西医的“卵巢”，中医却无“卵巢”之名，而卵巢的功能常在“胞宫”、“子宫”中表述。为了更好地指导临床对疑难病证病机的认识和治疗，张玉珍教授主编的《中医妇科学》教材对传统的胞宫、子宫的概念进行了继承和创新的界定，从而完善了中医生殖轴，能较好地指导临床诊治疑难病证。这是对中医妇科学理论的继承和创新，同时完善了中医妇科学的基础理论。
张玉珍教授跟随罗老学习编写教材、教参、中医妇科专著过程中，积淀了深厚的理论和积累了丰富的经验。2001年应人民军医出版社邀请主编《新编中医妇科学》，在基础理论篇章中首创编入“中医四大经典对妇产科的论述与现代临床应用”，后被罗颂平教授等主编的《中医妇科名家医著医案导读》一书引入。在张玉珍教授主编的新世纪全国高等中医药院校规划教材《中医妇科学》崩漏章节中，张玉珍教授把崩漏分为出血期和止血后的辨证论治。这是张玉珍教授主编教材的创新点，临床实用性强。崩漏一节的编写也反映了张玉珍教授对出血性月经病的辨治范例。
从张玉珍教授主编的专著和教材中体现了她的学术思想来源于经典，并用以指导妇科疾病的诊治。
（二）首重肾脾兼顾调肝
妇女的生理特点主要是月经、带下、妊娠、产育与哺乳，是脏腑、天癸、气血、经络协调作用于胞宫的生理现象。《素问•上古天真论》曰“女子七岁，肾气盛，齿更发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子。”明确提出了月经与妊娠以肾为主导。历代医家对此加以发挥，其中张景岳是最具代表性的医家。《类经附翼•求正录》曰：“命门为精血之海，脾胃为水谷之海，均为五脏六腑之本。……脾、胃为灌注之本，得后天之气也；命门为生化之源，得先天之气也，此其中固有本末之先后。”在张景岳妇科专著《妇人规》中更突出了首重肾与命门，次及脾胃的学术观点。张玉珍教授推崇张景岳重视肾脾的观点，对其在妇科方面的论述亦十分赞赏。张玉珍教授主持研发了罗元恺教授经验方“滋肾育胎丸”防治先兆流产和习惯性流产以及治疗男女肾虚不孕症，就是补肾脾的典型例子。
妇人易为情志所伤，故《景岳全书•妇人规》云：“妇人之病不易治也……此其情之使然也。”情志致病的病机复杂，关键为“气机逆乱”。张玉珍教授认为调理肾脾固然重要，同时须注重兼顾调肝包括养肝、疏肝。故古人提出“女子以肝为先天”之说，旨在强调肝的重要性。然肾主封藏，肝主疏泄，一开一合相互为用，相互制约，调节月经、排卵与种子等生理活动；此外，肝肾阴阳互滋互制，肾阴滋养肝阴，共同制约肝火使之不偏亢，肾阳资助肝阳，共同温煦肝脉，以防肝脉寒滞。肾与肝的密切关系影响着妇女的生理活动。
临证中张玉珍教授在调经、种子时，常常肾、肝、脾三经同调。张玉珍教授常用的调经种子方，乃《傅青主女科》之定经汤加减化裁，全方滋肾养血，疏肝健脾，用于治疗月经后期或先后不定期，月经过少，经期延长及不孕症等。用于治疗卵巢早衰的滋癸益经汤，全方补肾不忘培脾，疏肝兼以养肝，补血兼以活血，肾肝脾三经同调。这是典型的调理肾肝脾治疗妇科疾病的验方，体现了张玉珍教授首重肾脾，兼顾调肝的学术思想。
（三）医无定方辨证论治
辨证论治乃中医临床治疗疾病的基本法则，又是中医的精华。早在《素问•阴阳应象大论》、《素问•疏五过论》等篇中对如何辨证论治，已经提出十分具体而全面的要求。所谓辨证，就是收集患者的各种症状、体征、舌脉、病因、变化过程等等情况进行分析归纳、辨别，从而作出正确的诊断。所谓论治，是根据辨别诊断的结果，包括其病因、病机、部位等，制定出治疗方法，然后根据这方法再进行选方用药。
辨证即是如何认识疾病，论治即是如何立法处方。张玉珍教授临证时常采用的辨证方法主要为脏腑辨证、气血辨证，辅以冲任督带辨证和胞宫辨证等，有时几种辨证方法综合运用。在中医经典理论的熏陶及对妇科专著学术的汲取，张玉珍教授推崇《金匮要略》妇人三篇、《景岳全书》、《傅青主女科》、《医林改错》、《医学衷中参西录》等著作中记载的方剂。张玉珍教授抓住病机，异病同治，同病异治，经方运用，信手拈来，加减化裁，常获良效。同时张玉珍教授认为随着现代科技的发展，对疾病的认识、研究进一步的深入，将辨证论治理论与实践经验结合起来，自拟经验方进行辨证论治。比如张玉珍教授治疗卵巢早衰之滋癸益经汤、治疗盆腔炎性疾病后遗症导致输卵管通而不畅之通管方、治疗癥瘕之消癥散结汤等，临床验之有效。体现张玉珍教授“有是证，用是药”的辨证思路。
（四）中西互参病证结合
张玉珍教授认为中医与西医两者的理论体系和思维方法虽不同，但拯病救人的目标则是一致的。若能取长补短，则相得益彰，二者优势互补，不应互相排斥。
在目前临床中，常常需把两者结合起来，才能进行正确的诊断、治疗，这就要求西医的辨病与中医的辨证相结合，尤其是考虑采用中西医结合治疗方案时，更需如此。
不孕症是一个相当复杂的疾病，引起不孕的原因很多。对于不孕症的诊治，仅依据传统的辨证论治是远远不够的。张玉珍教授主张病证结合，即中医辨证与西医辨病相结合。根据不孕的原因及病位，从排卵障碍性不孕、输卵管阻塞性不孕、免疫性不孕、子宫内膜异位症性不孕等分别进行辨证论治。在明确病因后，对需要宫腹腔镜手术解决问题的，张玉珍教授与时俱进，积极安排腔镜手术，术后再辨证使用中药助孕，中西结合优势互补，大大缩短了疗程，提高了疗效。对于术中发现患者生殖器官病变已严重影响自然生育的，张玉珍教授会指导患者采取辅助生育技术，为患者解决生育问题提供机会。
对于复杂的妇科疑难病证如卵巢早衰、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症等，这些疾病历代文献无专门论述，散见于一些中医妇科病名中。已有的中医理论虽能指导对上述疑难病的认识，但临床医生对于复杂多变的临床症候、治疗方案选择及预后判断还是感到困惑、棘手。张玉珍教授在近二十年来，一方面钻研西医的理论知识和紧跟学术前沿，另一方面挖掘中医药理论，指导其研究生开展临床及实验研究。目前取得了一定成绩，张玉珍教授撰写了我国第一部有关卵巢早衰的专著《卵巢早衰的中医药防治》，在《妇科名家诊治多囊卵巢综合征临证经验》专著中有张玉珍教授治疗多囊卵巢综合征的辨证论治经验总结，其学术价值高，有较强的临床指导意义。指导弟子开展《五子四物加减方用于子宫内膜异位症不孕患者腹腔镜术后的临床研究》，冀总结一套子宫内膜异位症不孕术后的中医药治疗方案，推广应用于临床。
张玉珍教授在临床中始终以中医理论为指导进行辨证论治，发挥中医特色及优势，敢于攻坚克难，有信心为患者解决一个个奇难杂症。